新疋田駅は北陸本線の木ノ本−敦賀間が柳ヶ瀬経由から深坂トンネル経由の新線に切り替えられた１９５７（昭和３２）年１０月１日に開業した。旧線には疋田駅があり旧線は廃止になってしばらくは支線の柳ヶ瀬として残りその間は疋田駅と新疋田駅が併存した。旧線は、木ノ本から麻生口まで北陸自動車道に平行し、麻生口から国道８号線に沿って敦賀へ向かっていた。国道８号線と国道１６１号線が合流する地点に疋田の中心地区愛発(あらち)があり、ここに疋田駅があった。駅の跡地は愛発児童館になっている。
　旧柳ヶ瀬トンネルは片側交互通行の自動車専用道路として残っているが、その上を敦賀方面行きの北陸自動車道が通り、時速１００kmで高速道路の柳ヶ瀬トンネルへ消えて行く。敦賀近江塩津間は特急の本数が多く、新疋田駅には特急撮影と旧線探訪などで多くの鉄道ファンが訪れる。
　２０１８年７月時点で当駅から平日の普通列車は湖西線方面が１３本、北陸本線が１１本とになっている。８時から１６時の間、米原方面は近江塩津で同駅発の新快速に乗り換えとなる。長浜・米原行きの普通列車は１２５系が使用される。
　敦賀−長浜間が直流電化に際し、駅舎はログハウスの新しい駅舎に建て替えられ２００６年１１月１１日から供用開始した。直流化の営業は１１月２１日からで新快速も乗り入れるようになった。これに伴いホームも２２３系、５２１系、１２５系用に４両分の嵩上げが行なわれた。　ホームは相対式で真ん中に上り専用の通過線がある。駅舎の改築は総工費は７２００万円で、ホームの駅名表示板も新しいタイプになり、トイレも新しくなった。同時にパークアンドライド用の４０台規模の駐車場が整備された。訪れた時は３０台くらい駐まっていたがほとんどが福井ナンバーだった。
　ここを秘境駅として紹介した人もいるが、秘境駅という感じは微塵もない。上り２５本、下り２４本の普通列車が停車し、それ以上の特急列車が通過する。新快速も敦賀−米原間、敦賀−近江舞子間は各駅停車。駅のすぐ前を国道１６１号線が通っている。