北陸本線(官設鉄道)は１８９８(明治３１)年に金沢まで開通したが、小舞子駅は５年後の１９０３(明治３６)年７月１１日に海水浴客の為、海水浴シーズン中のみの小舞子仮停車場として開設された。１９６４(平成０９)年４月１０日に一般駅に昇格した。ブロック造りの駅舎を持つ相対式ホームの
無人駅。２０１７年４月１５日に金沢−大聖寺間がＩＣＯＣＡエリアになり、ＩＣ乗車券用の簡易改札機が設置されている。
　ホームは跨線橋で結ばれている。もちろん駅舎反対側の小舞子海水浴場側にもホームへの入口がある。依託駅員の配置もないので跨線橋は自由通路になっている。
　ホームに線番は無く、駅舎側が福井方面、海水浴場側が金沢方面となっている。２００６年頃は待合室の時刻表には金沢方面１番線、福井方面２番線の表示があった。一般駅昇格時のホームの高さは高かったので５２１系導入に際しても嵩上げは行われていない。現在は５２１系のみが停車する。
　福井側は能美根上駅までは長い直線区間になっている。次の能美根上駅はカーブ上に作られている。能美根上駅と明峰駅の間も一直線になっている。海側にはＤＩＣの北陸工場がある。駅舎側には手取総合公園、白山市立湊小学校、湊町郵便局、今湊神社がある。
　小舞子駅は白山市と能美市の境界付近にあるため白山市と能美市のコミュニティーバスが駅前へ乗り入れている。海側のホーム入口に小舞子の由来について説明する石のプレートが設置されている。説明によると明石大橋が望める兵庫県の景勝地舞子浜に似ているというので美川の松韻亭主、餅田半次郎が小舞子と名付けたと記載。
　２０２４年３月１６日北陸新幹線 金沢− 敦賀間開業に伴いＩＲいしかわ鉄道に移管された。