大聖寺駅は官設北陸線が小松まで開通した１８９７(明治３０)年９月２０日に開業した。大聖寺駅からは山代温泉と山中温泉を結ぶ、北陸鉄道加南
線が運行されていて特急列車の停車する駅だった。
　大聖寺駅に特急が止まらなくなったのは、１９７０年１０月１日に動橋駅との間にあった小駅の作見駅が特急停車駅に格上げされ駅名を加賀温泉駅に改称してからである。動橋と大聖寺と短い区間で停車していた特急は加賀温泉駅停車に集約された。
　大聖寺駅は加賀市の玄関口で、ホームは駅舎側１番線が金沢方面で、跨線橋を渡って３番線が福井方面となっている。２番線は待避列車と大聖寺発着の列車が使用する。３番線の外側にもう一本金沢側が行き止まりの線路があり、線路の外側がレールや砕石の資材置き場になっており、保線用車両が発着する。１番線の外側にも駅舎までの側線があり、マルタイなど保線車両が止まっている。待合室には飲料の自販機と駅の図書館がある。
　２０１７年４月１５日からＩＣＯＣＡエリアとなり、ＩＣカード用の簡易改 札機が設置されている。２０２４年３月１６日北陸新幹線金沢−敦賀間
開業に伴い北陸本線はＩＲいしかわ鉄道に移管された。
　駅前にはアパホテル、加賀市役所、加賀市民会館、加賀市体育館、市立中央図書館、石川県九谷焼美術館などがあ る。駅から１kmくらいの所に石川県立大聖寺実業高校がある。駅から６００ｍの所に単位制高校の石川県立加賀聖城 高校がある。
　駅の表と裏にチェーン、コンベア製造の大同工業本社工場がある。大同工業は駅舎側に本社、体育館、３番線側に工場があり、福井駅側に本社と工場を結ぶ歩行者用の大同踏切がある。
　市街を流れる大聖寺川の上流に山中温泉があり、温泉付近の大聖寺川は鶴仙渓として遊歩道が整備されている。さらに上流には石川県が管理する我谷ダムと九谷ダムがある。九谷ダムの更に上流、山中温泉九谷町に古九谷発祥の地がある。
　２０２４年３月１６日北陸新幹線 金沢− 敦賀間開業に伴いＩＲいしかわ鉄道に移管され、無人駅となった。